Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:

• obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
• specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i  zwierząt.

Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.
Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.

Na terenie naszego nadleśnictwa wyznaczone są trzy obszary Natura 2000:

Obszar specjalnej ochrony OSO Natura 2000 Dolina Dolnej Wisły (kod obszaru PLB040003) został zaliczony w listopad 2004 roku do wykazu OSO na podstawie Dyrektywy 79/409/EWG (tzw. Dyrektywy Ptasiej) obejmuje powierzchni  33559 ha znajduje si  w województwach kujawsko-pomorskim oraz pomorskim.
Przedmiotem ochrony są tu gatunki ptaków wymienione w załączniku I Dyrektywy Ptasiej. Dolina stanowi teren lęgowy dla około 180 gatunków ptaków, a także bardzo ważną ostoję dla ptaków migrujących i zimujących.

Dla powyższego obszaru w 2015 roku ustanowiono plan zadań ochronnych, który został w 2017 roku znowelizowany.

Dybowska Dolina Wisły (kod obszaru PLH040011) w grudniu 2008 roku został zatwierdzony jako Obszar o Znaczeniu Wspólnotowym (OZW). Obszar obejmuje 11 km odcinek rzeki Wisły wraz z terenami zalewowymi między Dybowem a Przyłubiem. Całkowita powierzchnia obszaru wynosi około 1392 ha.
Obszar Dybowska Dolina Wisły chroni 11 typów chronionych siedlisk nadrzecznych oraz związanych z nimi gatunków roślin i zwierząt. W Dolinie notowano m.in. 23 gatunki ptaków wymienionych w Załączniku I Dyrektywy Ptasiej a także niektóre gatunki zwierząt wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Siedliskowej (bóbr europejski, wydra europejska, kumak nizinny, minóg rzeczny, łosoś  szlachetny, boleń, a także czerwończyk nieparek).

Dla powyższego obszaru w 2014 roku ustanowiono plan zadań ochronnych, który został w 2015 roku znowelizowany.

Leniec w Chorągiewce (kod obszaru PLH 040044). Na terenie Nadleśnictwa Cierpiszewo zajmuje powierzchnię 6,31 ha. Stanowisko leńca obejmuje 17 odrębnych skupień, ciągnących się wzdłuż  poboczy starej szosy w kompleksie borów sosnowych, pomiędzy szosą a ścianą lasu. Jest to jedno z liczniejszych w regionie kujawsko-pomorskim stanowisk leńca bezpodkwiatkowego. Spotyka się tu również cenne murawy psammofilne i kserotermiczne, a także fragmenty wrzosowisk.

Dla powyższego obszaru w 2016 roku ustanowiono plan zadań ochronnych.